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Sanger法测序(一代测序)
Sanger法测序通过利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止。终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几百至几千碱基的链终止产物。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

基康公司拥有Applied Biosystems研制的领先国际水平的毛细管基因分析仪(3500&3730),是测序和片段分析的金标准。目前主要应用于:定向扩增子重测序;肿瘤个体化用药;细菌、真菌和病毒鉴定及众多不同的片段分析等领域。


流程图

 


 

高通量测序

高通量测序技术(又称为下一代测序技术,Next Generation Sequencing)是对基因测序的一次革命性的改变,几十万到几百万条核酸分子可以一次性的进行序列测定。同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 所以又被称为深度测序(Deep sequencing)。 基康公司不仅拥有可扩展、简便性和高测序速度的台式个人化操作基因组测序仪(Ion PGM,主要适用于扩增子测序、微生物测序、病毒测序、线粒体测序等应用领域),同时还拥有最新一代的,功能更强大的Ion Proton平台,其拥有比Ion PGM™测序仪高1000倍的芯片,将使得全基因组测序变得触手可及,完全可以满足个人全基因测序的目的。可以提供在几个小时内完成测序所需的速度的强大的半导体技术,以及拥有高达10Gb的通量和读取高达200bp的碱基片段。主要适用于微生物测序、全基因组重测序,全外显子组重测序和全转录组重测序以及Denovo测序,DNA甲基化,CHIP-seq等各领域。


基康公司拥有的二代测序平台应用领域比较:


二代测序流程图:


微卫星DNA(short tandem repeats,STR)基因扫描检测

微卫星(microsatellite MS)是由长度为2-6个碱基对的短串联重复序列(short tandem repeat STR),重复次数一般为10~60多次,基因片段长度在400个碱基以下。这些重复序列广泛存在于人类基因组中。由于它具有高度多态性、高杂合度及遗传稳定和突变率低的特点,作为第二代遗传标记被广泛应用。
STR分析服务是将荧光标记的DNA片段,如PCR产物在ABI测序仪上对大小、数量进行分析检测的过程,被广泛运用于遗传图谱构建、群体遗传研究、个体间亲缘关系鉴定、基因定位等。上海基康公司可以提供从微卫星序列筛选、引物设计合成、PCR扩增、毛细管电泳及数据处理分析的全套服务。


基因扫描检测结果示意图:

 


单核苷酸多态性(SNP)检测
SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而 导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点 ,是继微卫星之后的第三代遗传标记。有些SNP位点还会影响基因的功能,从而导致生物性状改变甚至致病。基于SNP的上述特点,它被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等 方面),和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

基康公司可以提供多样的检测技术进行检测:


测序检测

测序是进行SNP检测的金标准,不仅有适合于少量位点检测的高性价比,高精确度的Sanger测序,对于位点数量大,样本量多的检测,上海基康还拥有最新的高通量二代测序技术,不仅不增加大量检测的成本,能够更高精、高效的完成检测。


测序分型结果示意图:


TaqMan探针法SNP检测
上海基康公司引进并建立了整套的TaqMan-MGB-探针合成、荧光定量PCR的SNP检测技术平台,其中包括7900全自动高通量荧光PCR检测仪及7500荧光PCR检测仪,可以快捷、高效的提供高精确度、高通量、全自动化数据处理的SNP检测服务。


探针检测原理示意图:


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